हॉर्सशू चमगादड़ (राइनोलोफिडे) को कई जूनोटिक वायरसों का भंडार माना जाता है। जूनोटिक का मतलब जानवरों से लोगों में वायरसों के फैलने से है। जिसमें वायरस के करीबी रिश्तेदार शामिल हैं जो खतरनाक तीव्र श्वसन सिंड्रोम और कोविड-19 जैसी बीमारियां फैलाते हैं। चीन के वुहान में इंस्टीट्यूट ऑफ वायरोलॉजी के एक वायरोलॉजिस्ट शी झेंगली कहते हैं कि चमगादड़ की प्रजातियों की सही पहचान करने से जूनोटिक बीमारी के अधिक खतरे वाले भौगोलिक हॉटस्पॉट को पहचानने में मदद मिल सकती है।

हांगकांग विश्वविद्यालय के एलिस ह्यूजेस और सह-अध्ययनकर्ता कहते हैं कि चमगादड़ों की अज्ञात प्रजातियों की बेहतर पहचान से सार्स-सीओवी-2 की उत्पत्ति के बारे में पता लगाया जा सकता है। सार्स-सीओवी-2 के सबसे करीबी रिश्तेदार दक्षिण-पश्चिमी चीन के युन्नान प्रांत के राइनोफस एफिनिस चमगादड़ और लाओस में हॉर्सशू चमगादड़ की तीन प्रजातियों में पाए गए हैं।

ह्यूज दक्षिण पूर्व एशिया में चमगादड़ों की विविधता को बेहतर ढंग से समझना चाहते थे और उन्हें पहचानने के मानव आधारित तरीके खोजना चाहते थे। इसलिए उन्होंने और उसके सहयोगियों ने 2015 से 2020 के बीच दक्षिण चीन और दक्षिण पूर्व एशिया में चमगादड़ों को पकड़ा।

उन्होंने चमगादड़ के पंखों और नाक के नथुनों की माप और तस्वीरें लीं, ह्यूजेस ने कहा उनकी नाक के चारों ओर ऊतकों का एक समूह था, साथ ही उनके आवाज को भी रिकॉर्ड किया। उन्होंने आनुवंशिक आंकड़े निकालने के लिए चमगादड़ के पंखों से ऊतक का एक छोटा सा हिस्सा भी एकत्र किया। 

चमगादड़ की आनुवंशिक विविधता को मापने के लिए, टीम ने पकड़े गए जानवरों में से 205 से माइटोकॉन्ड्रियल डीएनए सीक्वेंस या अनुक्रमों का उपयोग किया और ऑनलाइन डेटाबेस से अन्य 655 अनुक्रम राइनोलोफिडे की कुल 11 प्रजातियों से संबंधित थे। एक सामान्य नियम के रूप में, दो चमगादड़ों के जीनोम के बीच जितना अधिक अंतर होता है, उतनी ही अधिक संभावना है कि जानवर आनुवंशिक रूप से अलग समूहों का प्रतिनिधित्व करते हैं और इसलिए वे विभिन्न प्रजातियां मानी जाती हैं।

शोधकर्ताओं ने पाया कि 11 प्रजातियों में से प्रत्येक वास्तव में कई प्रजातियां थीं, संभवतः पूरे नमूने में दर्जनों छिपी हुई प्रजातियां शामिल थीं। छिपी, या 'गुप्त', प्रजातियां ऐसे जानवर हैं जो एक ही प्रजाति के हैं लेकिन वास्तव में आनुवंशिक रूप से अलग हैं। उदाहरण के लिए, राइनोफस साइनिकस की आनुवंशिक विविधता से पता चलता है कि समूह में छह अलग-अलग प्रजातियां हो सकती हैं। कुल मिलाकर, उन्होंने अनुमान लगाया कि एशिया में लगभग 40 फीसदी  प्रजातियों का औपचारिक रूप से वर्णन नहीं किया गया है।

न्यू यॉर्क शहर में अमेरिकन म्यूजियम ऑफ नेचुरल हिस्ट्री के क्यूरेटर नैन्सी सीमन्स कहती हैं कि यह एक गंभीर संख्या है, लेकिन बहुत आश्चर्यजनक नहीं है। वह कहती हैं राइनोलोफिड चमगादड़ एक जटिल समूह है और जानवरों का केवल एक सीमित नमूना है।

सीमन्स कहते हैं हालांकि माइटोकॉन्ड्रियल डीएनए पर भरोसा करने का मतलब यह हो सकता है कि छिपी हुई प्रजातियों की संख्या बहुत अधिक है। ऐसा इसलिए है क्योंकि माइटोकॉन्ड्रियल डीएनए केवल मां से विरासत में मिला है, इसलिए महत्वपूर्ण आनुवंशिक जानकारी गायब हो सकती है। वह कहती हैं फिर भी अध्ययन से क्षेत्र में नई चमगादड़ प्रजातियों के नामकरण में अनुसंधान का एक धमाका हो सकता है।

कनाडा के ओटावा में कैनेडियन वाइल्डलाइफ सर्विस के एनवायरनमेंट एंड क्लाइमेट चेंज के जीव विज्ञानी चार्ल्स फ्रांसिस कहते हैं, जो इस क्षेत्र में चमगादड़ों का अध्ययन करते हैं, निष्कर्ष अन्य आनुवंशिक शोधों की पुष्टि करते हैं कि दक्षिण पूर्व एशिया में कई गुप्त प्रजातियां हैं। लेकिन उनका कहना है कि अनुमान नमूनों की कम संख्या पर आधारित हैं।

ह्यूजेस की टीम ने दक्षिण चीन और वियतनाम में पाए गए 190 चमगादड़ों का अधिक विस्तृत विश्लेषण करने के लिए रूपात्मक और ध्वनि डेटा का उपयोग किया और पाया कि इसने उनकी खोज का समर्थन किया कि उन क्षेत्रों में कई प्रजातियों की पहचान नहीं की गई थी। सीमन्स कहती हैं कि प्रजातियों को चित्रित करते समय साक्ष्य की कई चीजों के उपयोग के लिए अध्ययन एक मजबूत पक्ष रखता है।

ह्यूजेस का कहना है कि उनकी टीम ने यह भी पाया कि चमगादड़ के नथुने के ठीक ऊपर ऊतक का प्रालंब, जिसे सेला कहा जाता है, का उपयोग आनुवंशिक डेटा की आवश्यकता के बिना प्रजातियों की पहचान करने के लिए किया जा सकता है। बुडापेस्ट में हंगेरियन नेचुरल हिस्ट्री म्यूजियम के एक टैक्सनॉमिस्ट गेबोर कॉर्बा का कहना है कि इसका मतलब है कि छिपी हुई प्रजातियों की पहचान घुसपैठ के आकारिकी अध्ययन या महंगे डीएनए विश्लेषण किए बिना की जा सकती है। यह अध्ययन इकोलॉजी एंड एवोलुशन में प्रकाशित हुआ है।